Misato und ihre Anti-NERV-Organisation kommen in Paris an, einer Stadt, die durch den Kern rot wurde. Die Besatzung des Kampfschiffs Wunder landet auf einem Sicherheitsturm. Sie müssen die Stadt in 720 Sekunden instand setzen. Als eine Horde NERV-Evas auftaucht, muss Maris Eva-Einheit 8 einschreiten.
Parallel dazu werden Shinji, Asuka und Rei auf ihrer Reise durch das verwüstete Japan immer wieder mit Erinnerungen und inneren Bildern konfrontiert. Besonders Kaworu Nagisa erscheint Shinji als prägende, fast zeitlose Präsenz – nicht physisch anwesend, aber als Stimme und Gedanke, der Shinjis Selbstzweifel, Schuldgefühle und seinen Wunsch nach Verständnis spiegelt und vertieft.